协会（2013年9月）拥有会员单位300多家，下设中国水运建设行业协会工程建设及材料设备专业委员会、中国水运建设行业协会工程勘察设计及标准化专业委员会、中国水运建设行业协会工程造价专业委员会、中国水运建设行业协会港口设施专业委员会、中国水运建设行业协会工程施工专业委员会、中国水运建设行业协会内河航道分会、中国水运建设行业协会信息建设专业委员会。

中国工程咨询协会水运专业委员会、中国工程建设标准化协会水运工程专业委员会设立在中国水运建设行业协会。

协会日常工作由秘书处承担。

秘书处设置综合部、联络部、业务部。

协会主办《水运建设信息》，其编辑部设在联络部。

分支机构:中国水运建设行业协会工程建设及材料设备专业委员会2、中国水运建设行业协会工程勘察设计及标准化专业委员会3、中国水运建设行业协会工程造价专业委员会4、中国水运建设行业协会港口设施专业委员会5、中国水运建设行业协会工程施工专业委员会6、中国水运建设行业协会航道分会7、中国水运建设行业协会信息建设专业委员会。