随着新一代测序技术的出现，限制性位点相关DNA测序(RAD-seq)因其独立于参考基因组而成为快速获得生物体中高密度单核苷酸多态性(SNP)的主流方法。然而，很少有研究考察使用密切相关的物种作为参考基因组与使用物种本身作为参考基因组的影响。

在《植物科学》杂志上发表的一项研究中，中国科学院西双版纳热带植物园(XTBG)的研究人员评估了两种基于参考的方法的优点和局限性，即使用密切相关的物种作为参考基因组与使用物种本身作为参考基因组。

研究人员使用生物信息学软件STACKS研究了使用不同参考基因组对SNP调用的影响。他们利用了242个黄杞个体的RAD-seq数据，黄杞是核桃科(胡桃科)的一种热带树木。他们专注于两种不同的参考基因组：使用密切相关的物种(即枫杨)作为参考基因组，以及使用物种本身(即黄杞)作为参考基因组。

他们发现使用物种本身作为参考基因组和使用密切相关的物种作为参考基因组获得的SNP数量存在显着差异，前者产生的SNP明显多于后者。

“这个结果表明，选择物种本身作为参考基因组是SNP调用的最佳解决方案，”XTBG的李杰说。

研究人员建议，当物种本身无法作为参考时，可以使用密切相关物种的参考基因组。建议避免使用具有较远系统发育关系的物种。

“我们的研究有助于丰富对使用不同参考基因组时SNP获取影响的理解，”该研究的通讯作者孟洪虎说。