科学家将DNA保存在琥珀状聚合物中该方法可用于长期存储基因组或数字数据

  • 发布时间:2024-06-14 17:33:56 来源:
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导读 在电影《侏罗纪公园》中,科学家提取了在琥珀中保存了数百万年的DNA,并利用它创造了一群早已灭绝的恐龙。受到该影片的部分启发,麻省理工

在电影《侏罗纪公园》中,科学家提取了在琥珀中保存了数百万年的DNA,并利用它创造了一群早已灭绝的恐龙。

受到该影片的部分启发,麻省理工学院的研究人员开发出一种玻璃状、琥珀状的聚合物,可用于长期存储DNA,无论是整个人类基因组还是照片等数字文件。

目前大多数储存DNA的方法都需要在冰冻温度下进行,因此会消耗大量能源,在世界许多地方都不可行。相比之下,这种新型琥珀状聚合物可以在室温下储存DNA,同时保护分子免受热或水的损害。

研究人员表示,他们可以利用这种聚合物来存储编码侏罗纪公园主题曲的DNA序列,以及整个人类基因组。他们还证明,DNA可以很容易地从聚合物中去除,而不会损坏聚合物。

“冷冻DNA是保存DNA的首选方法,但成本非常高,而且不可扩展,”麻省理工学院前博士后JamesBanal说道。“我认为我们的新保存方法将成为一种技术,可能推动未来在DNA上存储数字信息。”

Banal和麻省理工学院A.ThomasGeurtin化学教授JeremiahJohnson是这项研究的资深作者,研究结果发表在《美国化学会志》上。前麻省理工学院博士后ElizabethPrince和麻省理工学院博士后HoFungCheng是该论文的主要作者。

捕获DNA

DNA是一种非常稳定的分子,非常适合存储大量信息,包括数字数据。数字存储系统将文本、照片和其他类型的信息编码为一系列0和1。同样的信息也可以使用组成遗传密码的四种核苷酸(A、T、G和C)编码在DNA中。例如,G和C可用于表示0,而A和T表示1。

DNA提供了一种以极高密度存储这些数字信息的方法:理论上,一个装满DNA的咖啡杯可以存储世界上所有的数据。DNA也非常稳定,而且相对容易合成和测序。

2021年,Banal和他的博士后导师、麻省理工学院生物工程学教授MarkBa​​the开发了一种将DNA存储在二氧化硅颗粒中的方法,这些颗粒可以贴上标签,显示颗粒的内容。这项工作促成了一家名为CacheDNA的衍生公司成立。

这种存储系统的一个缺点是需要几天时间才能将DNA嵌入二氧化硅颗粒中。此外,从颗粒中去除DNA需要氢氟酸,这对处理DNA的工人来说可能是危险的。

为了找到替代的存储材料,班纳尔开始与约翰逊及​​其实验室成员合作。他们的想法是使用一种称为可降解热固性聚合物的聚合物,这种聚合物由加热后会形成固体的聚合物组成。这种材料还包括可轻易断裂的可裂解链,从而使聚合物能够以可控的方式降解。

约翰逊说:“利用这些可解构的热固性材料,我们可以选择如何降解它们,这取决于我们在其中放入了哪些可裂解的键。”

对于这个项目,研究人员决定用苯乙烯和交联剂来制造热固性聚合物,它们一起形成一种琥珀色的热固性聚合物,称为交联聚苯乙烯。这种热固性聚合物还非常疏水,因此可以防止水分进入并损坏DNA。为了使热固性聚合物可降解,苯乙烯单体和交联剂与称为硫代内酯的单体共聚。这些连接可以通过用一种称为半胱胺的分子处理来破坏。

由于苯乙烯的疏水性很强,研究人员必须想出一种方法来将DNA(一种亲水性、带负电荷的分子)吸引到苯乙烯中。

为了实现这一目标,他们确定了三种单体的组合,它们可以转化为聚合物,通过帮助DNA与苯乙烯相互作用来溶解DNA。每种单体都有不同的特性,可以协同将DNA从水中分离出来并进入苯乙烯。在那里,DNA形成球形复合物,带电DNA位于中心,疏水基团形成与苯乙烯相互作用的外层。加热后,该溶液变成固体玻璃状块,嵌入DNA复合物。

研究人员将他们的方法命名为T-REX(热固性强化干燥保存)。研究人员表示,将DNA嵌入聚合物网络的过程需要几个小时,但随着进一步优化,这个过程可能会变得更短。

为了释放DNA,研究人员首先添加半胱胺,它可以切断聚苯乙烯热固性塑料的键,将其分解成更小的碎片。然后,可以添加一种名为SDS的洗涤剂,以在不损坏聚苯乙烯的情况下从聚苯乙烯中去除DNA。

存储信息

研究人员利用这些聚合物,发现它们可以封装不同长度的DNA,从数十个核苷酸到整个人类基因组(超过50,000个碱基对)。除了《侏罗纪公园》主题曲外,它们还能够存储编码《解放奴隶宣言》和麻省理工学院徽标的DNA。

在存储DNA并将其取出后,研究人员对其进行了测序,发现没有引入任何错误,这是任何数字数据存储系统的关键特性。

研究人员还发现,这种热固性聚合物可在高达75摄氏度(167华氏度)的高温下保护DNA。他们目前正在研究如何简化聚合物的制造过程,并将其制成胶囊以供长期储存。

CacheDNA是一家由Banal和Bathe创办的公司,Johnson是该公司的科学顾问委员会成员,该公司目前正在进一步开发DNA存储技术。他们设想的最早应用是存储基因组用于个性化医疗,他们还预计,随着未来技术的发展,这些存储的基因组可以接受进一步分析。

“我们的想法是,为什么我们不永远保存生命的主记录?”班纳尔说。“十年或二十年后,当技术发展到我们今天无法想象的程度时,我们就可以学到越来越多的东西。我们对基因组及其与疾病的关系的理解仍处于起步阶段。”

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